+政治大學 當代日本研究中心+

成立日期：2009年9月24日

政治大學日本研究中心是由日本交流協會以及日本國際交流基金補助設立，主要目的希望強化國內的日本研究。並成為台日之間的學術交流平台。

+中山大學 日本研究中心+

成立日期：2010年6月21日

中山大學日本研究中心也以當代日本研究為目標，政治、經濟、社會、文化為主要研究領域，整合南台灣相關學術資源之餘，更希望能提供學者間、台日間的交流機會以強化台灣日本研究。

+東海大學 跨領域日本區域研究中心+

成立日期：2011年5月17日

東海大學跨領域日本區域研究中心成立於2011年，近程發展目標以政治、法律、社會、經濟、管理等社會科學學門作為研究發展核心；中程目標則計劃結合文學、史學、哲學、藝術、宗教等人文學門，發展具有東海大學傳統人文精神之日本研究；遠程目標則將再導入生態、環境、建築、景觀、觀光、文化創意等綜合性學門，進行跨領域、跨文化之研究統合，藉以開創臺灣日本區域研究的新紀元。

+輔仁大學 日本研究中心+

成立日期：2012年6月2日

輔仁大學日本研究中心主要希望發揮整合各項學術資源與研究人力，並做為政府及民間機構日本相關政策諮詢與研究之學術平台。

+台灣大學 日本研究中心+

成立日期：2013年11月1日

臺灣大學文學院為加強人文與社會科學領域的對話、整合師資並培育校內年輕的日本研究人才，於2013年成立「日本研究中心」，以跨領域的整合國內外研究人才，建構及發展新學術領域「國際日本學」為目標。