2016年5月28與29日，第三屆「台日戰略對話」國際會議於台北與南投縣日月潭兩地舉辦，以因應國際政治大趨勢、剖析過去這一年的新情勢，並延續台日戰略合作平台的對話機制，推動與各自及涵蓋政府、智庫、與學術界的「戰略社群」有更緊密的接觸。第三屆「台日戰略對話」有五個五題場次及一個總結討論場次，分別為兩岸關係與日本(Cross-Strait Relations and Japan)、亞太地區的中國與日本(China and Japan in the Asia-Pacific)、南海的戰爭與和平(War and Peace in the South China Sea)、經濟安全(Economic Security)、台日安全合作(Taiwan-Japan Security Cooperation)與總結討論(Concluding Discussion)。討論議題涉及台日國內政治、兩岸關係、美國與中國戰略佈局、東海與南海議題、國防工業、軍事安全以及國際政治經濟等領域，將會是未來台日推動戰略與安全的重要參考。此外，中山大學日本研究中心也與日本國際問題研究所簽訂合作備忘錄，確認雙方的合作伙伴關係。